南京水利科学研究院建于1935年，原名中央水工试验所，是我国最早成立的综合性水利科学研究机构。2001年被确定为国家级社会公益类非营利性科研机构。主要是做基础理论、应用基础研究和高新技术开发，承担水利、交通、能源等领域中具有前瞻性、基础性和关键性的科学研究任务，兼作水利部大坝安全管理中心、水利部水闸安全管理中心、水利部应对气候变化研究中心、水利部基本建设工程质量检测中心、水利部水文仪器及岩土工程仪器质量监督检验测试中心。
历经80年的发展，南京水科院已发展成为拥有40多个具有鲜明特色和优势的专业研究方向、在国内外具备极其重大影响的水利科研机构。现设水文水资源研究所、水工水力学研究所、河流海岸研究所、岩土工程研究所、材料结构研究所、大坝安全与管理研究所、水利部农村电气化研究所、水利部南京水利水文自动化研究所、农村水利科学研究推广中心、生态环境研究中心、 海洋资源利用研究中心等研究机构和南京瑞迪建设科技有限公司等研发机构。建有水文水资源与水利工程科学国家重点实验室和国家级国际联合研究中心，以及水利、交通、能源行业9个部级重点实验室、研发技术中心、工程技术探讨研究中心。
承办并定期公开出版8种学术期刊（包含英文期刊）。建有院本部科研及科学技术创新基地、铁心桥水科学与水工程实验基地、滁州水文实验基地和国家防汛抗旱总指挥部办公室防洪演练基地、杭州农村电气化与再次生产的能源研发基地、当涂科学试验及科技开发基地、无锡河湖治理研究基地。
自1978年全国科技大会至2014年底，南京水科院获得国家和省部级科技进步奖571项，其中国家级奖励76项。出版专著400多部，获国家发明和实用新型专利348项。
全院现有科研人员1300余人，其中中国工程院院士、英国皇家工程院外籍院士1名，国家有突出贡献中青年专家、“国家特支计划”百千万工程领军人才等国家和部省级人才70余名，具有高级以上职称670多人，是国家创新人才教育培训示范基地，荣获“全国专业方面技术人才先进集体”称号。
为学生（含联合培育学生）提供良好的学习、科研和生活条件，设有5700平方米的研究生教育中心，为学生提供有免费的公寓式宿舍（两人一间），科研项目和培养经费充足，导师根据硕士生承担的助研工作提供一定的助研津贴。在撰写学位论文期间，我院向学生提供1万元学位论文基金。
每年参选“张光斗优秀学生奖学金”、“潘家铮水电奖学金”，同时设立院优秀研究生奖、优秀学习奖、优秀论文奖、优秀班干部等各类综合奖励及单项奖励。
严格依照国家和江苏省的规定收取学费（特殊情况者除外），并将完善硕士研究生奖助政策体系，提高奖助力度。学生就读期间，可申请学费减免，并享受每年不少于10000元的助学金。
招收的硕士研究生，毕业时实行“双向选择”就业制度。根据硕士生在院学习工作情况，可优先选择本院毕业生留院工作。
